Sarı-lacivertliler, 2002-03, 2006-07, 2010-11, 2012-13, 2013-14, 2015-16, 2016-17, 2018-19, 2022-23 ve 2024-25 sezonlarında ise elemeleri geçemedi. İstanbul temsilcisi, 2011-12 sezonunda ise UEFA Şampiyonlar Ligi'ne direkt katılma hakkını elde etmesine rağmen "şike soruşturması" sebebiyle Avrupa'ya gönderilmedi.
Türk futbolunun köklü çınarlarından Fenerbahçe, UEFA Şampiyonlar Ligi'nde uzun süredir boy gösteremiyor. Sarı-lacivertlilerin Avrupa'nın en prestijli kulüp turnuvasına katılamayışının üzerinden tam 17 yıl geçti.
UEFA'dan alınan iki yıllık Avrupa Kupalarından men cezası nedeniyle Şampiyonlar Ligi'ne katılamamıştır.
UEFA Şampiyonlar Ligi organizasyonunda 2007-08 sezonunda çeyrek final oynadı. UEFA Avrupa Ligi'nde 2012-13 sezonunda yarı finale kadar çıkmayı başarmıştır. Fenerbahçe, son olarak 2024-25 UEFA Avrupa Ligi'nde son 16 turuna yükselmiş ve seri penaltı vuruşları sonucu Rangers'a elenmiştir.
Fenerbahçe, Süper Lig'de şampiyon olduğu 2 sezonun ardından Şampiyonlar Ligi'ne UEFA kararıyla katılım sağlayamadı. Süper Lig'de 2010-2011 sezonunu şampiyon tamamlayan sarı-lacivertliler, UEFA Şampiyonlar Ligi'ne direkt katılma hakkını elde etmesine rağmen "şike soruşturması" sebebiyle Avrupa'ya gönderilmedi.
Sezon başında Bursa Valiliği'nin daveti üzerine 21 Eylül 1958'de Bursa'da oynanan (aynı zamanda hasılat amaçlı) karşılaşmada Acar İdman Yurdu'nu 8-0 yenen Fenerbahçe Bursa Yangını Felaketzedelerine Yardım Kupasını, 2-3 Mayıs 1959'da Ankara Valiliği'nin davetine icabetle katıldığı dörtlü turnuvanın finalinde Beşiktaş'ı ...
Fenerbahçe'nin, 1959 öncesi kazanılan dokuz şampiyonluğun tescili talebiyle 06.03.2021 tarihinde TFF'ye yapılan ve toplam şampiyonluk sayısının 28'e, armadaki yıldız sayısının 5'e çıkarılması ve yayın gelirlerinin buna göre düzenlenmesi amaçlayan başvuruda hukuki süreç devam ediyor.
Türkiye'den listede Fenerbahçe, Beşiktaş, Sivasspor ve Eskişehirspor yer aldı. UEFA, resmi sitesinde futbol tarihinin şike yapan takımları listesini güncelledi. Türkiye'den listede Fenerbahçe, Beşiktaş, Sivasspor ve Eskişehirspor yer aldı.
1986-87 sezonunda Galatasaray, Eskişehirspor'u yenerek 14 yıl aranın ardından şampiyonluğa ulaşıyor. Maçtan sonra statta büyük coşku yaşanıyor. Sarı kırmızılılar bundan önce son 1972 yılında şampiyon olmuştu.
1980'ler, Türk futbolunun Avrupa'daki varlığını hissettirdiği yıllar oldu. 1988-89 sezonunda Galatasaray, çeyrek finalde Monaco'yu eleyerek yarı finale yükseldi. Bu başarı hâlâ Türk futbolunun Şampiyonlar Ligi'ndeki en büyük derecesi olarak kayıtlara geçti.
2010-11 Süper Lig şampiyonu Fenerbahçe, yürütülen şike soruşturması sebebiyle Türkiye Futbol Federasyonu tarafından 2011-2012 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi'nden men edilmiştir. Fenerbahçe yerine lig ikincisi Trabzonspor'un Şampiyonlar Ligi gruplarına direkt katılmasına karar verilmiştir.